Su historia se remonta a la Edad Antigua, cuando se integraba en un contexto claramente minero. En la época romana, aunque no existía población alguna, su actual ubicación era atravesada por la vía romana denominada Casóbriga. El interés de la zona para los romanos se centró en la existencia de centros termales y zonas de aguas ferruginosas. Aunque en época musulmana algunos caminos pasaron cerca de su demarcación, no parece que existiera ninguna población hasta finales de la Edad Media. En 1478 aparecen los primeros documentos que hacen mención al pueblo. Ya en la época moderna, los Reyes Católicos concedieron los terrenos para fundar un mayorazgo, entre los que se encontraban las tierras de La Alhondiguilla, que con el tiempo será la que forme el término municipal de Villaharta. No obstante, el proceso de creación de la villa fue a partir de la constitución del mayorazgo en 1630.Durante la Edad Contemporánea, Villaharta ha mantenido siempre una producción agrícola basada fundamentalmente en los olivos, aunque antes también se explotaban cereales y vides. Su población jornalera se mantuvo siempre distante de las revueltas de la época. En la actualidad sigue siendo un pueblo tranquilo, donde la gente vive mayoritariamente del campo.